Teknisk beskrivelse og dokumentation

Data

Data er hentet fra ICES’ Database of Trawl Surveys (DATRAS). For at dække hele Danmark, er to surveys brugt:

• North Sea International Bottom Trawl Survey (NS-IBTS)
• Baltic International Trawl Survey (BITS).

7 polygoner/områder er lavet i QGIS og data er klippet til hvert område. Dvs. der nu er 7 datasæt: et over hvert område. Hvert område er valgt ud fra følgende:

• Der skal være nok hauls, der går langt nok tilbage i tiden
• Mange datapunkter (hauls)
• Repræsentere, så vidt muligt, forskellige fysiske parametre

En shape-fil af havbundssediment (DHI, EuSeaMap, BALANCE) tilføjes og klippes til, så det passer til områderne, for på den måde senere at kunne tilføje en kolonne i attributtabellen om sedimenttype. Billedet til højre viser placeringen af områder samt hauls fra hhv. NS-IBTS og BITS.

Data rensning og præperering

Mange af de valg der er taget i forhold til rensning af data er taget på baggrund af en masse deskriptiv statistik. Data rensning er dokumenteret i mappen data_cleaning på github.

På baggrund af dette inddeles hver art i tre størrelser ud fra både biologiske kriterier samt min/maks længder for fangst (se skema i app). For hvert område/art/størrelse er følgende datapræparering/rensning foretaget:

• Kun kvartal 1 og 4
• Kun > år 2000
• Der laves en ny kolonne med et ”unikt” haul ID, da der ellers tælles fra 1 ved hvert nyt år.
• Alle længdeklasser skal repræsenteres, så der tilføjes ”0” i de klasser, der ikke er fanget i haulet.
• En ny kolonne tilføjes med den summerede ”CPUE_number_per_hour” for hvert unikt haul af den specifikke kombination af art, størrelsesklasse og område.
• Et nyt datasæt (.csv) gemmes for hver art og en kolonne (source) der fortæller hvilket område og størrelse der er tale om. F.eks. øresund_codJ (for juvenile torsk i øresund). I alt 6 csv-filer.

Tabellen nedenfor viser antallet af hauls i hvert område efter datarensning.

Område	Antal hauls
Nordlige Kattegat	154
Kattegat, øst for Læsø	225
Kattegat, nord for Øresund	77
Øresund	143
Storebælt	231
Mecklenburg Bugten	372
Østersøen, sydvest for Bornholm	260

Generalised Additive Mixed Models (GAMM)

De nye csv-filer bruges til at lave GAMM-modellerne. Nedstående er et eksempel på en model i R for juvenile rødspætter i Øresund:

mod.plaiceJ <- gam(cpue ~
                     period +
                     s(depth, k = 15) + 
                     s(Gear, bs= "re") + 
                     Quarter + 
                     SedimentDK, 
                   data= subset(dat_plaice, loc== "øresund_plaiceJ"), family = tw)

mod.plaiceJ <- get.mini.model(mod. plaiceJ, check.terms = c("period", "depth", "Quarter", "SedimetnDK"))

Hvor

• cpue er responsvariablen og er den summerede CPUE_number_per_hour for alle længder af arten i størrelsesgruppen i et haul.
• period er en af følgende perioder: 2000-2005, 2006-2012, 2013-2018, 2019-2024 (OBS der er kun data inkluderet til og med 2022)
• s(depth) er dybden der er blevet trawlet på
• s(Gear) er typen af gear der er brugt (læs mere om gear-typer på ICES hjemmeside her)
• Quarter er kvartalet, dvs. enten kvartal 1 eller 4
• SedimentDK er sedimenttypen. Der er fem forskellige typer. Sedimenttypen er identificeret på baggrund af tidligere nævnte havbundssedimentkort samt longitude og latitude for de enkelte hauls.

get.mini.model henviser til scriptet funcs.R, som finder den bedste, mindst komplekse model. Med modellerne udregnes nu en ”predicted CPUE” og en ”predicted standard deviation”. De gemmes som newdat.rds, så model-resultaterne kan bruges i shiny appen. I alt er lavet 126 modeller. Nogle modeller har ikke kunne konvergere og kan ses i tabellen nedenunder. Alle scripts kan findes på github.

Modeller med warnings

Område	Art og størrelse
Nordlige Kattegat	Voksne brisling
Kattegat, øst for Læsø	Juvenile skrubber
Kattegat, nord for Øresund	Voksne hvilling Unge skrubber Juvenile skrubber
Øresund	Juvenile skrubber Juvenile rødspætter
Storebælt	Voksne torsk Voksne brisling Voksne hvilling Juvenile skrubber
Mecklenburg Bugten	Juvenile rødspætter Juvenile brisling Juvenile skrubber Voksne brisling Voksne hvilling
Østersøen, sydvest for Bornholm	Voksne torsk Voksne brisling Voksne hvilling